Mata kuliah Mikrobiologi mencakup dasar-dasar kehidupan berbagai jenis mikroorganisme. Peran mikroorganisme dalam kehidupan sangat berpengaruh bagi lingkungan maupun aspek kehidupan manusia, Sehingga faktor-faktor yang mempengaruhi pertumbuhan mikroorganisme perlu dipelajari. Kedalaman materi ini mencakup hubungan antar mikroorganisme dengan lingkungan, pencegahan faktor-faktor yang merugikan terhadap kondisi lingkungan dan tanaman budidaya, peranan mikroorganisme yang menguntungkan maupun yang merugikan bagi tanaman budidaya. Kegiatan pembelajaran berupa perkuliahan dan tugas-tugas mereview jurnal penelitian di bidang mikrobiologi serta praktikum di laboratorium tentang pengenalan alat-alat di bidang mikrobiologi dan teknik-teknik dasar mikrobiologi. Mahasiswa juga diberikan kesempatan untuk mengobservasi secara langsung aplikasi teknik mikrobiologi di lingkungan sekitarnya, terutama dibidang pertanian serta juga melalui video-video di internet. Melalui strategi pembelajaran problem based learning mahasiswaa juga diharapkan mampu bekerjasama, berdiskusi, dan melakukan presentasi.