Mata kuliah Mikrobiologi mencakup dasar-dasar kehidupan berbagai jenis mikroorganisme.  Peran mikroorganisme dalam kehidupan sangat berpengaruh bagi lingkungan maupun aspek kehidupan manusia,  Sehingga faktor-faktor yang mempengaruhi pertumbuhan mikroorganisme perlu dipelajari.  Kedalaman materi ini mencakup hubungan antar mikroorganisme dengan lingkungan, pencegahan faktor-faktor yang merugikan terhadap kondisi lingkungan dan tanaman budidaya, peranan mikroorganisme yang menguntungkan maupun yang merugikan bagi tanaman budidaya. Kegiatan  pembelajaran berupa perkuliahan dan tugas-tugas mereview jurnal  penelitian di  bidang mikrobiologi serta praktikum di laboratorium tentang pengenalan alat-alat di bidang mikrobiologi dan teknik-teknik dasar mikrobiologi. Mahasiswa juga diberikan kesempatan untuk mengobservasi secara langsung aplikasi teknik mikrobiologi di lingkungan sekitarnya, terutama dibidang pertanian serta juga melalui video-video di internet. Melalui strategi pembelajaran problem based learning mahasiswaa juga diharapkan mampu bekerjasama, berdiskusi, dan melakukan presentasi.